Vorkoloniale Zeit
Seit prähistorischer Zeit bewohnen Negritos, genauer gesagt die Volksgruppe der Aeta, als ursprünglichste Bevölkerung die Philippinen. In der Zeit von 3.000 bis 2.500 v. Chr. wanderten austronesische Stämme von Taiwan herkommend südwärts ins Land und verteilten sich von dort aus weiter Richtung Süden.
Vom 7. bis zum 13. Jahrhundert kamen Teile der Philippinen unter den Einfluss von Sri Vijaya und später von Majapahit. Bis heute sind Wörter aus dem Sanskrit in den Philippinischen Sprachen erhalten. 1917 wurde auf Mindanao eine Indisch-Malaiische Goldstatue aus der Majapahit Zeit gefunden. Ein noch wichtigerer Beleg für die kulturelle Verbindung zum malaiischen Kulturraum stellt die Laguna-Kupferplatte dar, die aus dem 9. Jahrhundert stammt und in einer Mischung aus Sanskrit, Altjavanisch, Altmalaiisch und altem Tagalog geschrieben wurde, in einer Schrift, die der javanischen Kawi Schrift ähnelt. Südchinesische Händler hatten ebenfalls einen grossen Einfluss in der Region, was sich an zahlreichen Porzellanfunden aus der Zeit der chinesischen Sung-Dynastie zeigt. Wahrscheinlich kam der Buddhismus zusammen mit chinesischen Händlern auf die Philippinen und vermischte sich mit lokalen Traditionen.
Ab 1380 fasste der Islam auf den südlichen Philippinen Fuss; es entstanden verschiedene Sultanate, darunter das einflussreiche Sultanat von Jolo. Um 1500 erreichte der Islam auch Luzón. Um 1530 wurde May Nilad (Manila) als Palisadenfestung an der Mündung des Flusses Pasig in die Manilabucht gegründet. Andere Orte wie Tondo, das in der Laguna Kupferplatte erwähnt wird, waren bereits seit Jahrhunderten besiedelt. Die Gründer von Manila, malaiische Rajas aus Brunei, wählten einen bislang unbesiedelten Ort, der bis zur spanischen Eroberung im Jahre 1571 auf 10.000 Einwohner wuchs.
Weite Teile der Philippinen, vor allem der Süden, Palawan und die Gegend um Manila, wurden bis zur Ankunft der Spanier durch malaiische Rajahs islamisiert. Nach Meinung von philippinischen Historikern wären die Philippinen ohne die Ankunft der Spanier Mitte des 16. Jahrhunderts vollständig islamisiert worden, wie es heute in Indonesien oder Malaysia der Fall ist.
Spanische Kolonialzeit Christianisierung
Als die Spanier 1565 die Philippinen als ihre Kolonie beanspruchten und es somit Neuspanien angliederten, war der Islam noch nicht so tief verwurzelt, dass es ihnen nicht schwerfiel, auch die muslimische Bevölkerung zum Christentum zu bekehren. Ausserdem wurde die Christianisierung der Philippinen weitgehend friedlich durchgeführt, unter anderem wurden animistische Praktiken weitgehend geduldet, von denen einige bis heute überlebt haben. Der Buddhismus, der vermutlich neben dem Islam im 16. Jahrhundert die vorherrschende Religion auf den Philippinen war, wurde bald nur noch von der chinesischen Minderheit praktiziert.
Angesichts ihrer Niederlage gegen die Spanier im Jahre 1571 konvertierten die Rajahs von Manila, Rajah Sulayman, Rajah Lakandula und Rajah Matanda zum Katholizismus. Dafür durften sie einige Privilegien behalten und wurden ins koloniale Herrschaftssystem integriert. Durch die weitgehende Einbindung der einheimischen Häuptlinge in das koloniale Herrschaftssystem entstand die soziale Schicht der principialia, die als Mittelsmänner und Nutzniesser des Kolonialsystems diese über Jahrhunderte festigten.
Der andere wichtige Machtfaktor in der philippinischen Kolonie waren spanische Mönche und Priester. Aufgrund ihrer Rolle in der Missionierung und in den späteren Gemeinden waren sie oft die einzigen Spanier, die eine einheimische Sprache konnten. Sie lebten im Gegensatz zu den Kolonialbeamten, die nur auf Zeit im Lande waren, mehrere Jahrzehnte im Land. Sie wurden als Vermittler unverzichtbar und somit sehr mächtig.
Im Süden der Philippinen war der Islam zum Zeitpunkt der Ankunft der Spanier bereits tiefer verwurzelt, so dass die dortigen Moslems, von den Spaniern Moros genannt, von diesen nie völlig unterworfen werden konnten.
Koloniale Wirtschaft
In der frühen Kolonialzeit bildete der Galeonenhandel zwischen Manila und Acapulco die wichtigste Einnahmequelle für die Kolonie. Silber aus den Minen der neuen Welt wurde von Acapulco nach Manila verschifft und dort benutzt, um chinesische Waren wie Seide und Porzellan zu kaufen. Da bis zum 18. Jahrhundert nur die Portugiesen mit Macao das Recht hatten, die chinesische Küste direkt anzusteuern, war man auf chinesische Händler angewiesen, die sich in einem eigenen Viertel vor Manila ansiedelten, dem heutigen Binondo, wo sich auch heute die Chinatown von Manila befindet.
Im frühen 19. Jahrhundert änderte sich die wirtschaftliche und politische Situation. Mexiko wurde unabhängig, so dass die Philippinen nicht mehr zu Neuspanien gehörten, sondern zum ersten Mal direkt von Spanien aus verwaltet wurden. Der Galeonenhandel nach Acapulco war nicht mehr möglich und wurde 1815 eingestellt. Die Philippinen wurde nach und nach dem Welthandel geöffnet, so dass für Teile der einheimischen principalia sowie Mestizen sowohl spanischer als auch chinesischer Herkunft Wohlstand ermöglicht wurde, so dass einige ihren Kindern ein Studium, oftmals sogar in Europa, finanzieren konnten. Es entstand die Schicht der Ilustrados, die durch neue, freiheitliche Ideen aus Europa beeinflusst wurden.
Reformen und Revolution Jose Rizal, Nationalheld
1868 gab es in Spanien eine Revolution, so dass der liberale Gouverneur Carlos Maria dela Torre auf die Philippinen geschickt wurde, der liberale Reformen durchführte und unter anderem die Pressezensur abschaffte. 1871 war diese Phase jedoch vorbei. Insbesondere die spanischen Mönchsorden auf den Philippinen entfalteten wieder ihre Macht.
Im letzten Viertel des 19. Jahrhunderts wurden die Rufe der Ilustrados nach Reformen immer lauter. Die Bezeichnung Filipino, die früher nur für spanische Kreolen benutzt wurde, wurde auf alle Einwohner des Landes ausgeweitet. Die Propagandabewegung, die aus Europa von philippinischen Studenten und Exilanten betrieben wurde, sowie die kurzlebige Liga Filipina, die kurz nach ihrer Gründung durch Jose Rizal in Manila sofort von den dortigen Behörden verboten wurde, hatten zunächst nicht die Unabhängigkeit der Philippinen als ihr Ziel, sondern Gleichberechtigung der Filipinos und philippinische Sitze im Cortes. Doch für einige ging dies nicht weit genug.
Von 1896 bis 1898 fand unter der Führung des Katipunan die Philippinische Revolution statt, die in ihrer Endphase praktisch in den Spanisch-Amerikanische Krieg überging. Bereits zu Beginn dieser Auseinandersetzung zwischen Spanien und den Vereinigten Staaten wurde die spanische Flotte durch amerikanische Schiffe in der Schlacht in der Bucht von Manila vernichtet. Ein Grossteil des Landes war jedoch zu diesem Zeitpunkt bereits unter philippinischer Kontrolle, worauf am 12. Juni 1898 die philippinische Unabhängigkeitserklärung erfolgte, welche weder von der alten noch der neuen Kolonialmacht anerkannt und vom Rest der Welt gar nicht erst wahrgenommen wurde.
Amerikanische Kolonialzeit
Die USA erkannten die junge philippinische Republik nicht an und bekämpften sie im Philippinisch-Amerikanischen Krieg von 1899 bis 1902 massiv. Etwa eine Million Filipinos (20 % der Gesamtbevölkerung) kamen während dieser Zeit ums Leben und das Land wurde zur amerikanischen Kolonie.
1904 wurde im Süden der Philippinen, die von den Spaniern nie ganz unterworfen wurden, von den Amerikanern die Moro Province gegründet und militärisch kontrolliert. Dadurch kam es zum Moro-Amerikanischen Krieg, der von 1904 bis 1913 andauerte und durch den US-General John Pershing beendet wurde. So wurde aus der in spanischer Zeit eher formellen Zugehörigkeit der Moslemgebiete zu den Philippinen eine faktische. Auf der Insel Mindanao wurden grosse Monokulturen amerikanischer Konzerne angelegt, wie zum Beispiel Ananasplantagen. Es kam in den 1920er und 1950er Jahren ausserdem zu staatlich geförderten Siedlungsprogrammen, bei denen Christen aus dem Norden und aus der Mitte der Philippinen in den Süden gebracht wurden. Der heutige Konflikt im Süden der Philippinen hat seine Wurzeln in dieser Zeit.
1935 wurde eine Teilautonomie für die Philippinen mit dem Ziel der Unabhängigkeit bis 1945 beschlossen. Kurz darauf wurde die Einwanderung von Filipinos in die USA erheblich eingeschränkt. Manuel Quezon wurde Präsident des Commonwealth der Philippinen. Dieser holte sich später Douglas MacArthur als Militärberater hinzu, der beim Aufbau eigener philippinischer Streitkräfte half. 1942 kämpften philippinische und amerikanische Soldaten vergeblich gegen die eindringende japanische Armee (? Schlacht um die Philippinen).
Von 1942 bis 1945 wurden die Philippinen im Zuge des Zweiten Weltkriegs von Japan besetzt. Millionen Philippiner starben durch das brutale Besatzungsregime der japanischen Armee, etliche Städte wurden in Schutt und Asche gelegt.
Am 4. Juli 1946 wurden die Philippinen offiziell in die Unabhängigkeit entlassen. Die USA behielten einige Jahrzehnte lang wirtschaftliche Sonderrechte und militärische Stützpunkte auf den Philippinen. Die USA spielen bis heute eine wichtige Rolle in der philippinischen Politik.